Đài quan sát Llano de Chajnantor là đài quan sát đặt cao nhất so với mực nước biển, đặt ở cao độ 5.100 m ở cao nguyên Llano de Chajnantor trong sa mạc Atacama, cách San Pedro de Atacama 50 km về phía đông.[16]

Đây là một nơi có không khí rất khô - con người không thể ở đây được - nhưng lại là một nơi tuyệt vời cho thiên văn dưới milimét. Do các phân tử hơi nước trong khí quyển Trái Đất hấp thụ và làm suy hao bức xạ bước sóng dưới milimét cho nên một nơi khô ráo là cần thiết cho thiên văn vô tuyến.

Các kính thiên văn vô tuyến đặt ở đây là:

• Atacama Pathfinder Experiment (APEX)
• Atacama Large Millimeter Array (ALMA)
• Cosmic Background Imager (CBI)

ESO điều hành kính Atacama Pathfinder Experiment, APEX, trong sự hợp tác với Viện thiên văn vô tuyến Max Planck (ở Bonn, Đức) và đài quan sát không gian Onsala (ở Onsala, Thụy Điển). APEX là kính thiên văn vô tuyến dưới milimét có đường kính lớn nhất hoạt động ở Nam Bán cầu.[17] Nó có thể dùng làm kính thử nghiệm cho ALMA, Atacama Large Millimeter Array, một mảng kính thiên văn vô tuyến giao thoa của ESO, cùng với các đối tác khác trên thế giới, hiện tại đang được xây dựng và thử nghiệm ở cao nguyên Chajnantor.[16] APEX là một kính dựa trên nguyên mẫu của ăngten ALMA, đã được thay đổi để hoạt động như là một kính thiên văn vô tuyến dưới milimét riêng rẽ.

ALMA sẽ là sự thiết kế cách mạng về giao thoa kế thiên văn học, bao gồm 66 ăngten chính xác cao, hoạt động ở bước sóng 0,3 mm đến 9,6 mm. Mảng chính của nó gồm 50 ăngten đường kính 12 m, hoạt động cùng nhau tạo thành một giao thoa kế. Ngoài ra còn có một mảng bốn kính 12 mm và mười hai kính đường kính 7 m. Các ăngten sẽ trải rộng trên cao nguyên sa mạc với khoảng cách từ 150 m đến 16 km, mang lại khả năng thay đổi độ phóng đại của ALMA.[16] Nó sẽ cho phép khám phá Vũ trụ ở bước sóng milimét và dưới milimét với độ nhạy và phân giải chưa từng có, cao gấp 10 lần kính không gian Hubble, và bổ sung cho hình ảnh thu được từ giao thoa kế VLT. Video về xe vận chuyển kính ALMA cho thấy cách di chuyển của kính.